Druhá modernizace proběhla od roku 1997 do r. 1998 a v jejím průběhu došlo k instalaci nového řídícího systému implementovaného na dvou počítačích a pracujících pod operačním systémem QNX. Nový systém byl flexibilnější než systém VILATI a bylo možné jej podle potřeb upravovat a přeprogramovat. Všechny příkazy zadané pozorovatelem i příkazy samotného řídícího systému se po určitou dobu automaticky archivovaly, takže bylo možné rekonstruovat velkou část případných poruchových stavů. Nový řídící systém také poprvé obsahoval katalog hvězd pro pozorování, takže bylo možné pracovat se katalogovými jmény hvězd, nikoliv s jejich souřadnicemi - což bylo pro službu konající astronomy ulehčení.
Dále došlo v průběhu modernizace ke změně řídících prvků na osách elektromotorů ovládajících všechny pohyby (včetně fokusace). Po první modernizaci byla inkrementální čidla umístěna pouze na osách dalekohledu. Převody mezi elektromotory a osami dalekohledu však měly určitou vůli, a to vedlo k příliš dlouhé odezvě na změny otáček elektromotorů. Proto došlo k instalaci inkrementálních čidel i na hřídele elektromotorů. Přesnost nastavení polohy se tím podstatně zvýšila.
 |
| Schéma ovládání dalekohledu a interní síť stelárního oddělení po modernizaci 1998. Zkratka Lin znamená linux, většina počítačů (a po roce 2000 úplně všechny počítače stelárního oddělení, včetně osobních i počítače sekretářky oddělení) pracují pod operačním systémem Linux. |